Centrum Projektów Europejskich jest państwową jednostką budżetową powołaną zarządzeniem nr 16 Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 15 grudnia 2008 r. (do pobrania poniżej w sekcji Załączniki). Podstawowym celem Centrum jest podniesienie efektywności absorpcji środków europejskich.
CPE działa na podstawie statutu nadawanego przez ministra właściwego ds. rozwoju regionalnego. Obecny regulamin organizacyjny został określony zarządzeniem Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 10 listopada 2017 r. (do pobrania poniżej w sekcji Załączniki).